"A Alemanha introduziu provisoriamente os controlos nas suas fronteiras, em particular com a Áustria", afirmou o ministro em Berlim.
Em duas semanas chegaram a Munique cerca de 63.000 refugiados, dos quais 13.000 só no sábado.
A Alemanha suspende assim os acordos de Schengen sobre a livre circulação europeia.
A Alemanha tornou-se o destino escolhido por muitos migrantes, especialmente sírios, depois de a chanceler Angela Merkel ter afirmado que o país aceitaria refugiados da guerra na Síria.
Desde o início do ano que já chegaram à Alemanha 450.000 migrantes, uma situação que levou as estruturas de acolhimento alemão ao limite.
Segundo a revista Spiegel, Berlim pretende ganhar algum tempo para lidar com o fluxo migratório.