Os hospitais não estão a declarar os patrocínios e os apoios que recebem das farmacêuticas para a realização de rastreios, cursos ou estudos observacionais. De acordo com o Diário de Notícias, entre 2013 e 2015, a Indústria Farmacêutica declarou patrocínios e apoios a hospitais superiores a 160 milhões de euros, mas os hospitais só inscreveram 69 milhões na Plataforma da Transparência criada para combater a corrupção.
As disparidades são visíveis ao longo de todo o país, mas no Algarve, as contas da Administração Regional de Saúde batem certo com os valores apresentados na plataforma. Já no Centro Hospitalar de São João (CHSJ), no Porto, a disparidade de valores é bastante acentuada. O CHSJ terá recebido apoios superiores a 447 mil euros entre 2013 e 2015, mas nada declarou.
Também nos últimos três anos, a farmacêutica Pfizer terá patrocinado, em 2014, o Centro Hospitalar do Porto (CHP) com 72.233 euros para um projeto de investigação "da iniciativa do investigador", mas de acordo com a plataforma o CHP apenas declarou 1492 euros nesse ano. Questionado sobre a discrepância de valores, o centro hospitalar justificou que as diferenças detetadas no portal se devem a valores recebidos para os médicos se deslocarem a congressos.
Já na ARS de Lisboa e Vale do Tejo só foram declarados 1215 euros dos mais de 60 mil que foram recebidos. Por sua vez, Norte e Alentejo não declararam qualquer valor e a ARS do Centro declarou 11 582 em 2014, quando o valor (um pouco superior, 11 667 euros) é referente a vários anos.
Confrontado com as discrepâncias, o Infarmed reconhece falhas no sistema e garante que está a tomar medidas para monitorizar melhor a plataforma.