José Sócrates foi associado, em 2005, a um recebimento ilícito de 500 mil contos para que licenciasse o Freeport, segundo afirmou um alto responsável do ministério do Ambiente, numa escuta telefónica a que foi sujeito pelas autoridades.

Em Fevereiro de 2005, o gabinete do director da Reserva Natural do Estuário do Tejo, José Manuel Marques, foi alvo de buscas da Polícia Judiciária. Sem saber que estava com o telefone sob escuta, por ordem da Juíza de instrução do processo Freeport, José Manuel Marques ditou para o processo um indício de crime contra o primeiro-ministro.

José Manuel Marques, logo a seguir a José Sócrates, é para a polícia inglesa o segundo suspeito de ter recebido, solicitado ou facilitado pagamentos corruptos para autorizar a construção do Freeport em plena reserva natural, que de resto, continua a dirigir.