A acusação da Operação Marquês e a defesa de José Sócrates pediram a nulidade da decisão instrutória, proferida pelo juiz Ivo Rosa. O Ministério Público e os advogados do antigo primeiro-ministro entendem que houve uma alteração substancial dos factos que constavam na acusação.
Segundo o requerimento do Ministério Público, a que a TVI teve acesso, a pronúncia "reproduz de forma interpolada, um conjunto de artigos da acusação, com escassa, mas desajeitada, alteração de detalhes".
Os procuradores parecem responder a Ivo Rosa, que tinha caracterizado alguns pontos da acusação como "omissos, fantasiosos e incoerentes".
A divergência para com a decisão do juiz está num dos crimes. Entende o magistrado que existiu branqueamento num ato entre José Sócrates e Carlos Santos Silva, sendo que este último seria corruptor ativo. Acontece que este crime aconteceu sem demonstração de ato concreto, tendo entretanto prescrevido. Em diferendo com Ivo Rosa, a acusação configurou este alegado crime como corrupção passiva.
Mas o Ministério Público vai mais longe, e acrescenta que a pronúncia permite, em certa medida, "levar à conclusão absurda que a vantagem indevida da corrupção estava a ser paga com fundos que já eram do agente passivo". Na prática, entende a acusação que José Sócrates estava a receber fundos que já eram seus.
Ainda antes desta decisão, a defesa de José Sócrates tinha já requerido a nulidade da decisão instrutória, invocando contradições entre acusação e pronúncia.
A investigação do processo Operação Marquês começou em 2013, o antigo primeiro-ministro José Sócrates foi detido em novembro de 2014, chegou a estar em prisão preventiva, e três anos depois (2017) foi deduzida a acusação.
O Ministério Público acusou 28 arguidos de um total de 188 crimes económico-financeiros, dos quais 31 imputados a José Sócrates.
A fase de instrução do processo durou mais de dois anos – de 28 de janeiro de 2019 até 02 de julho 2020, quando terminou o debate instrutório, tendo a decisão instrutória sido conhecida no passado dia 09 de abril.
Ivo Rosa determinou que Sócrates seria julgado por três crimes de branqueamento de capitais e três de falsificação de documentos, juntamente com o seu amigo e empresário Carlos Santos Silva a quem o juiz deu como provado que corrompeu o antigo chefe de Governo, configurando um crime [corrupção ativa sem demonstração de ato concreto] que considerou prescrito.
Dos 28 arguidos do processo, foram pronunciados apenas cinco: o ex-presidente do BES Ricardo Salgado, por três crimes de abuso de confiança o antigo ministro Armando Vara por lavagem de dinheiro e o ex-motorista de Sócrates João Perna por posse ilegal de arma.
Ficaram ilibados na fase de instrução, entre outros, os ex-líderes da PT Zeinal Bava e Henrique Granadeiro, o empresário Helder Bataglia e o ex-administrador do Grupo Lena Joaquim Barroca.